SikuliXでは、キャプチャした画像のピクセルの単位でスクリーンを検索し、類似した画像の位置を探し出します。このため、画像をキャプチャしたときと実行時とで表示倍率が異なると、キャプチャしたときの画像は探し出せなくなります。
基本的な考え方に変わりはありませんが、キャプチャしたときの画像より表示倍率が小さい画像については、実行時に探せるようにする設定方法が、SikuliX 1.1.3から実装されました。（使う場面が思い浮かばないんだけど・・・・）

「あ」を複数のフォントサイズで表示した例で味見してみました。
フォントサイズ８０の文字をキャプチャして４行目のexists()の引数にしています。
フォント１０の文字は最小類似度を50%にしたら見つかりました。

　
■使用する場合の注意点
Settings.AlwaysResizeの設定は、スクリプトだけでなくSikuliX IDEの機能全体に影響するので、Settings.AlwaysResizeの設定を変更して実行した後は、必ず元に戻すことを忘れないようにすることが大切だと思います。設定値を変更していることに気が付かないと、SikuliX IDEのマッチングプレビューを表示したときに戸惑います。
設定値を変更するときの値は、０～１です。０と１を設定した場合はデフォルトに戻ります。当然ながら、キャプチャしたときより表示倍率を大きくした場合は使えません。キャプチャした画像からピクセルを間引くことはできても、増やすことはできないんでしょうね。