※2020/3/25に内容を更新しました。
hondana
SikuliXで使える関数とか設定とかを俯瞰できるように一覧にしている。[公式サイト]と表記したリンクは、http://sikulix-2014.readthedocs.org/en/latest/の該当ページへのリンクを設定している。

よく使う機能は限られているから、一度も使ったことがない機能もあるなー。
マークの機能は公式サイトのドキュメントを読む（というか見る）のがお勧め。
マークは公式サイトのドキュメントに掲載のない隠し機能です。

■General features regarding scripting and image handling　・・・公式サイト
マウスの動作やログ出力など、各種機能の動作に関わる共通仕様の設定方法を説明している。
コマンド説明＆リンク
setShowActions click()などの操作の前に、検索対象に指定した画像の位置で赤色の◎印を点滅する機能。(バグのためSikuliX1.1.0やSikuliX1.1.1では動作しない。)
highlight()で代替可能。（環境設定で常時ハイライト表示することも可能。）
exit pythonにはsys.exit()があるが、SikuliXの内部初期化のためにexit()を使わなくてはならない。
Settings.setImageCache SikuliX1.1.1以降で有効。デフォルトでは一度使った画像はキャッシュされ、画像が更新されたとしてもキャッシュしたものが使用されるが、設定をSettings.setImageCache(0)にした後は、使うたびにすべての画像がファイルからロードされる。デフォルトに戻すには、Settings.setImageCache(1)に設定する。
公式サイト
Settings.ActionLogs
Settings.InfoLogs
Settings.DebugLogs		 公式サイト
Settings.MinSimilarity find系の処理で抽出対象にする条件は、個々にパターン設定する場合を除くとデフォルトで最小類似度70%。デフォルトの最小類似度を変更するときに使用する。
Settings.MoveMouseDelay mouseMove()の位置が特定できてからマウスの移動を開始するまでの時間を遅らせるときに使用する。【注】Windows10の場合、Settings.MoveMouseDelay=0に設定すると奇妙な動きをします。できるだけ速く操作したいときは、0.1に設定すれば想定通りの動きをします。
Settings.DelayBeforeMouseDown
Settings.DelayBeforeDrag (前のバージョンではDelayAfterDragだったのだが、なんで名前が変わったのか？)
Settings.DelayBeforeDrop
Settings.ClickDelay
Settings.TypeDelay
Settings.SlowMotionDelay
Settings.WaitScanRate
Settings.ObserveScanRate
Settings.ObserveMinChangedPixels
Settings.AlwaysResize
ImageCallback		 SikuliX1.1.3以降で有効。公式サイト
Settings.UserLogs
Settings.UserLogPrefix
Debug.user		 setUserLogFileの説明で使ってる
Settings.UserLogTime
Debug.setUserLogFile setUserLogFileは存在しないフォルダを指定するとエラーになるね
getBundlePath 公式サイト
現在実行しているスクリプトの格納フォルダを取得することができます。ログの出力先や、スクリプト独自の設定ファイル格納先としてスクリプトフォルダを使いたいときなどに重宝します。
ここで使っている。
getBundleFolder
getParentPath
getParentFolder
makePath
makeFolder
unzip
setBundlePath
getBundlePath
getImagePath
addImagePath ここで使ってる
Webサーバに画像を置いて使いたいときもaddImagePath
addHTTPImagePath
removeImagePath
resetImagePath
addImportPath
load SQLiteを使う方法
sikulix.jarにバインドされていないクラスを追加するときなどに便利。SQLiteドライバを使いたいときやSeleniumWebDriverを使いたいときなど、load(xxx.jar)の1行追加するだけOK。sys.pathにパスが追加されるので、xxx.jarに含まれるクラスをimportして使えるようになる。(SikuliX1.1.0以降のPython版で使用可能)
※SikuliX1.1.4から使えなくなります。SikuliX1.1.4以降で外部jarファイルを使う方法は、ここを参照。
runScript
(バージョンX1.1.1から)		 RobotFramework利用 と スクリプトの連続実行 や UIAutomation連携で使ってる

■Interacting with the User and other Applications　・・・公式サイト
スクリプトの実行条件を入力したりエラーメッセージを表示したりしたいときの、ポップアップ画面の表示方法や、他のアプリケーションを開いたり閉じたりといった連携方法の説明をしている。
コマンド説明＆リンク
popat
(バージョンX1.1.1から)		 ポップアップ表示の位置は、デフォルトではスクリーンの中心です。ポップアップ表示位置を変更したいときに使います。
popup ここで使ってる
※時間指定でウインドウを自動で閉じる機能が実装されたorg.sikuli.script.Doクラスの説明はこちら
popError ポップアップウインドウいろいろ(popAsk, popError, select, input)
popAsk popErrorの説明で使ってる
input popErrorの説明で使ってる
inputText 複数行の文字列を入力したいときに使います。
select(Python版)
popSelect(Ruby版)		 こことここで使ってる
プルダウンメニューから選択させるときに使います。
popFile
(バージョンX1.1.1から)		 ファイル出力先として任意のフォルダを選択させたいような場合に使います。
Env.addHotkey コマンドラインから実行したスクリプトをスマートに止める
スクリプト実行中にキー操作を行ったタイミングで割り込み処理（スクリプトの強制終了とか、Global変数の書き換えとか）を実行させたいとき使います。
Env.removeHotkey Env.addHotkeyで追加したホットキーを削除します。
openApp App.openと同じ、アプリケーションを開きます。
switchApp openAppしたアプリケーションにフォーカスを与えます。
closeApp openAppしたアプリケーションを閉じます。
run(command) UIAutomation連携で使ってる
バッチファイルの実行など、コマンドラインからの実行を行うとき使います。

■General Settings and Access to Environment Information　・・・公式サイト
下記のうちEnvクラスは旧バージョンの互換性を保つために残してある記述方法で非推奨、別のクラスにリダイレクトされる。
コマンド説明＆リンク
Sikulix.prefStore
Sikulix.prefLoad
Sikulix.prefRemove
Settings.getOS
Env.getOS
Settings.getOSVersion
Env.getOSVersion
Settings.isWindows
Settings.isMac
Settings.isLinux
Settings.getSikuliVersion
Env.getSikuliVersion
App.getClipboard
Env.getClipboard
App.setClipboard
Env.setClipboard		 ここで使ってる
クリップボードを使って連携可能な他のツールを使うときに便利です。
Key.isLockOn
Env.isLockOn		 バグあり（Numlockキーの状態を取得する機能です。）
Mouse.at
Env.getMouseLocation		 ここで使ってる
マウスの座標位置を取得します。
Vision.setParameter
Vision.getParameter

■Region (rectangular pixel area on a screen)　・・・公式サイト
画像認識の対象とする矩形の範囲の設定と取得方法、画像を検索する方法、マウス操作の方法を説明している。スクリプトの中で一番使う機能だと思う。（find, exists, type, paste, click, doubleClick, dragDropを覚えたら簡単なスクリプトならすぐ書けてしまう。）
コマンド説明＆リンク
Region ここで使ってる
find()やexists()などの画像認識機能は、対象範囲が小さいほど検索に要する時間が短くて済む。対象範囲を指定しないときはスクリーン全体が対象となる。範囲を限定することができるなら、対象範囲をRegionで指定して、そのRegionに対してfind()やexists()を使用するのが良い。
setX
setY
setW
setH
moveTo
setROI ここで使ってる
setRect
morphTo
getX
getY
getCenter		 ここで使ってる
getW
getH
getTopLeft
getTopRight
getBottomLeft
getBottomRight 		公式サイトhover()の数行上にいい例が載っている。（highlight()の代わりにマウスでRegionの周囲を時計周りになぞる例）
getScreen
getLastMatch
getLastMatches ここで使ってる
スクリーンやRegionに対してfindAll()した結果は、getLastMatches()でマッチオブジェクトに取り出す。マッチオブジェクトの有無を確認するときhasNext()を使い、マッチオブジェクトから１つずつ取り出すときnext()を使う。
getTime
isRegionValid
setAutoWaitTimeout
getAutoWaitTimeout
setWaitScanRateget
WaitScanRate		 ここで使ってる
get
getRow
getCol
setRows
setCols		 getRowとgetColにはバグあり
setRaster
getRow
getCol
getCell		 ここで使ってる
isRasterValid
getRows
getCols
getRowH
getColW
offset
inside
nearby
above
below
left
right
grow
find 画像を検索します。（画像が見つからなかったときはFindFailedエラーが発生します、）
findAll
findAllByRow()
findAllByColumn()
findAllList(), getAll() 		検索画像がスクリーン上に複数あるときはfindAll()で探す

ByRow, ByColumn, ListはSikuliX1.1.4から 公式サイト
wait
waitVanish
findBest
findBestList
findAnyList
findAny		 公式サイト
findBestの使い方
findBestの使い方(+α) 
exists 目的の画像が現れるまでexists()で待つ
画像を検索します。（findと違って、画像が見つからなかったときはFalseを返すだけで、FindFailedエラーは発生しません。）
onAppear
observe
stopObserver		 onAppearの使い方
メインの処理に関係ない割り込みはonAppear()で並列処理する 
画像が現れた時の処理を定義するとき使います。
onVanish
onChange		 画像が消えた時の処理を定義するとき使います。
observeInBackground
getType
getPattern
getRegion
getMatch
getChanges
getCount
getTime
repeat
getName		 ここで使ってる
onAppearやonVanishなどのイベントハンドラで使います。
getTypeを使うと、発生したイベントの種類を取得することができます。
hasObserver
isObserving
hasEvents
getEvents
getEvent
setInactive
setActive
click
doubleClick
rightClick		 画像の検索条件にして検索し、クリックやダブルクリックを行います。
デフォルトでは、操作の位置は指定した画像の中心ですが、中心からのオフセット値を設定することで、任意の場所を操作することができます。
highlight
highlightOn 
highlightOff 
highlightAllOff 		 ここで使ってる、表示色を指定してhighlight()を使う
検索した画像の位置をハイライト表示します。スクリプトをデバッグするときなどに、想定した場所が検索できているのか、確認するときに重宝します。findAnyで見つかった場所をハイライト表示する
hover onAppearの説明で使ってる
dragDrop スライダーをDragDrop()で操作する
drag
dropAt		 popupダイアログを邪魔にならない場所に移動
type ここで使ってる
AltやCtrlなどの文字にできないキー操作を行うときに使います。
paste 文字列を入力するときに使います。
text OCR機能で電卓の数字を読み取ってみた
mouseDown
mouseUp
mouseMove マウスを移動するコマンドmouseMove()
wheel
keyDown
keyUp		 ここで使ってる
setFindFailedResponse 検索画像が見つからないときに対話する仕掛けsetFindFailedResponse
setFindFailedHandler
(バージョンX1.1.1から)		 公式サイト
setImageMissingHandler
(バージョンX1.1.1から)
getFindFailedResponse
setThrowException
getThrowException

■Location　・・・公式サイト
マウスを移動するときや、画像認識対象範囲を座標で指定したい場合に使う機能の説明をしている。
コマンド説明＆リンク
Location ここで使ってる
getX
getY
setLocation
offset
above
below
left
right		 ここで使ってる

■Screen　・・・公式サイト
デフォルトのスクリーン、マルチモニタのときのスクリーン、スクリーンキャプチャの方法などを説明をしている。
コマンド説明＆リンク
Screen 検索対象のモニターはScreen(n)で指定します。メインモニターならSCREEN, Screen(0), または指定無しで検索できます。２台目のモニターならScreen(1).find(画像)です。ALL.find(画像)とすると、複数のモニターを対象にして検索ができます。ALLはあらかじめ定義された定数で、全てのモニターを統合した領域を表します。
getNumberScreens
getBounds ここやここ使ってる
capture スクリーンショットをcapture()するとき４分割して保存する
エラー発生時にスクリーンショットとトレースバックを残す
selectRegion selectRegion()で範囲を指定して画像を保存する
vncStart

■Pattern　・・・公式サイト
画像検索機能(find, exists, clickなど)のオプションと考えたら理解しやすい。IDEの中に貼り付けた画像をクリックして表示する[パターン設定]ウインドウで設定すると自動的にスクリプトが編集されるので、ここの文法は覚えなくても心配無用。（パターン設定の使い方はここで説明している。）
コマンド説明＆リンク
Pattern
similar
exact		 ここで使ってる
targetOffset
getFilenameget
TargetOffset

■Match　・・・公式サイト
find系の処理では、最小類似度より類似度の高い画像を抽出する。抽出された画像がいったいどれ程の類似度であったかは、そのスコアで知ることができる。
コマンド説明＆リンク
getScore
getTarget		 findAll("img.png")
mm = SCREEN.getLastMatches()
while mm.hasNext():
    m = mm.next().highlight(1, "blue")
    print m.getScore()

■Finder　・・・公式サイト
スクリーンの画像を検索対象とするのではなく、ファイル保存した画像を検索対象にする場合の方法を説明している。
コマンド説明＆リンク
Finder
findAll
hasNext
next		 スクリーンの代わりに画像ファイルを検索するにはFinder()
find

■Key Constants　・・・公式サイト
type()の引数に指定するキー定数を説明している。
（※addHotkey()に使うmodifier keyとしては使えないことに注意！）

■The Application Class(App)　・・・公式サイト
コマンド説明＆リンク
focus popupダイアログを最前面に表示する方法
pause
App
isRunning
hasWindow
getWindow
getPID
getName
setUsing
open
close
focusedWindow
window